目前，正值夏季高温多湿气候，为各种动物疫病的发生提供了有利条件，再加上补栏，异地引回畜禽的增加，大大增加了动物疫病的防控难度。大灾之后极易引发各种动物疫病发生，特别是一些烈性动物疫病和人畜共患病。为防止动物疫情流行，巴中市巴州区按照划片包干的原则，组织干部职工、技术人员深入一线对受灾的乡镇、农户及各农贸市场、屠宰场点、规模养殖场，开展定期消毒、防疫监管；做到不漏一头畜禽，不留任何死角。
　　
　　“巴州区畜牧局这段时间给我们派了大量的技术人员，帮助我们搞好清洁卫生、打预防针等工作。我们这儿的一千多头猪，长势相当良好。”三星乡双柏村群力养殖场总经理盛登宣对政府的这一做法非常感激。据该乡畜牧站站长介绍，该站对辖区内的所有猪、牛、狗、鸡等动物全部又打了一次预防针。为确保灾后圈内消毒工作落到实处，巴州区里设计了专项的表格，要求四者会签：村主任、社长、挂包兽医、消毒人员。该乡9个村发放9张表格，已全面回收，消毒面达100%。
　　
　　据统计，全区共组建消毒队伍893支，5267人次，使用消毒药19.05吨，消毒面积508.76平方米，消毒面达到了100%。全区现已防疫牲猪20.46万头，牛1.03万头，禽47.82只，震后全区畜牧业生产健康发展，无重大动物疫情发生。